Fullmetal Alchemist: Brotherhood is een Japanse animeserie van de zender Funimation Channel. De serie ging in première op 5 april 2009.
De serie begint weer van voren af aan, maar houdt zich dit keer volledig aan de plot in de manga, zonder eigen zijsprongen. Per aflevering werden ongeveer twee manga-hoofdstukken behandeld. De eerste 13 afleveringen van Brotherhood beslaan hetzelfde verhaal als de eerste 26 van de eerste anime, wat betekent dat veel details van het verhaal daar overgeslagen zijn.
When Scar is cornered by a pair of gruesome chimeras, the Elrics enter the fray as his unlikely allies. Later, Winry's attempt to confront Scar over his role in her parent's death ends in disaster.